L'évolution, la domestication du loup et l'alimentation humaine

Bonjour,

J'ai trouvé un article qui précise la présence dans le génome du chien d'un gene pour digérer l'amidon, absent chez le loup. Les scientifiques pensent que cela serait lié a la domestication.

J'ai quelques doutes car il me semble que la comparaison des génomes a été établi avec des loups actuels qui ne seraient pas les ancetres des chiens, les chiens descendant de populations particulières de loups qui ne correspondent pas aux loups actuels.  Ces populations ont à ce jour disparu et c'est a leur génome qu'il faudrait comparer.www.auxfrontieresdelascience.com/mobile-sujet-3731,si-le-chien-est-devenu-notre-ami-c-est-aussi-en-apprenant-a-manger-comme-nous?

Citation :

Dogs' Closest Wolf Ancestors Went Extinct, DNA Study Shows
LiveScience | By Stephanie Pappas
Posted: 01/17/2014 9:37 am

A new genetic analysis of modern dogs and wolves suggests that man's best friend was domesticated before agriculture.

But the origin of this domestication remains stubbornly mysterious. Researchers analyzed the genomes of wolves from three likely sites of domestication (the Middle East, Asia and eastern Europe), and found that modern dogs were not more closely related to any of the three. In fact, it seems that the closest wolf ancestors of today's dogs may have gone extinct, leaving no wild descendants.

"The dogs all form one group, and the wolves all form one group, and there's no wolf that these dogs are more closely related to of the three that we sampled," said study researcher John Novembre, a professor of genetics at the University of Chicago. "That's the big surprise of the study." [10 Things You Didn't Know About Dogs]

Domestication mystery

The origin of the domestic dog is a persistent mystery. Fossil evidence for domestication dates back as far as 33,000 years, based on the shape of the skull and on ancient DNA analysis. But the presence of a dog-like canine doesn’t prove the origin of modern dogs; even if the fossil represents a domesticated dog, it could have been a failed lineage that left no descendants.

Researchers know that dogs regularly lived with humans by about 10,000 years ago, and dogs and people are found buried together as early as 14,000 years ago. Various genetic studies have pointed to China, the Middle East and Europe as the origin for today's domesticated dogs.

Novembre and his colleagues wanted to refine the understanding of domestication using high-quality, full genomes. They gathered full gene sequences from a wolf in Israel, a wolf in China and a wolf in Croatia to encompass the possible sites of the original dog domestication. Next, they also sequenced the full genomes of an Australian dingo, a feral dog species thought to have originated in Southeast Asia, and an African basenji. Neither of these dogs have territories that overlap with wolves, so researchers hoped they would see little of the post-domestication interbreeding that so often confuses the story of how dogs and wolves split.

The researchers also had a previously done full genome sequence for a Boxer.

Complicated canines

The high-quality, full sequences allowed the researchers to look at genetic variations across the entire genome. That's important, Novembre told LiveScience, because previous work was limited to snippets of DNA, chosen because they were known to vary from dog breed to dog breed. [The Coolest Animal Genomes]

"When we apply these to looking at dogs and wolves, we don't get a complete picture, because we can't see the variations that existed in wolves but vanished in dogs," Novembre said.

The new results, published today (Jan. 16) in the journal PLOS Genetics, reveal that dogs do not hail from the same lineage as modern wolves — a big surprise, said Novembre, who was hoping to see evidence for either a single domestication or multiple domestication events, where, for example, the Australian dingo would be most related to the Asian wolf and the African basenji would be most related to the Middle Eastern wolf.

Instead, the dogs are all most closely related to each other. The pattern suggests that dogs arose from a now-extinct line of wolves, Novembre said. Later, early in domesticated doggie history, they interbred with still-wild wolves, causing a genetic snarl that frustrates dog genetics researchers to this day.

The sequences also revealed that the first dogs arose from a very small number of the wolves that lived in their day, Novembre said. Around the time of domestication, both wolves and dogs experienced what's known as a population bottleneck — their numbers dropped. Genes can't explain why these drops occurred, Novembre said, but in the case of wolves, human encroachment and competition for large prey probably played a role.

Finally, the comparisons suggest that wolves and dogs split between 9,000 and 34,000 years ago, with a likely interval being between 11,000 and 16,000 years ago, before the rise of agriculture. Those findings are in line with the fossil record, Novembre said.

Previous research had suggested that perhaps dog domestication got a push from a genetic mutation that made it easier for modern dogs' ancestors to digest starch — meaning they could scavenge from human garbage piles. The new study looked at that gene mutation and found that it certainly occurred, but likely after dogs were already domesticated. Dingos, for example, are unquestionably dogs and not wolves, but they have few copies of the starch-friendly gene.

"You had domestication occurring in the context of dogs hanging around human hunter-gatherer groups, and only later, when these groups began to switch to farming, did they change their diets," Novembre said.

More answers coming?

However, there are still many questions left to answer. The reason for such a wide range of 25,000 years for the origin of domestication is that researchers had to base the estimate on rates of mutation in the genome. Mutations are rare, Novembre said, and estimating how often they happen is a tricky proposition. The best way is to compare the genomes of parents and offspring, but that work has not yet been done with dogs. Once it's done, Novembre said, the team will be able to refine its estimates.

However, the discovery that modern wolves and modern dogs seem to be more like sister groups than ancestors and descendants means that modern DNA sequences likely won't reveal the origin of domestication. To answer that question, Novembre said, ancient DNA analyses will be necessary.

So far, DNA sequences extracted from fossils are incomplete. But just as researchers have now sequenced a complete Neanderthal genome, they're on the cusp of sequencing full genomes from fossil dogs and wolves.

"Several groups are hammering away" at the problem, Novembre said, adding that a full ancient dog genome could be as few as nine months away.

Je suis d'accord, pour moi aussi le chien et le loup ont une souche commune très ancienne mais l'un ne descend pas de l'autre, ils ont évolué différemment.

Par contre, je croyais que le chien ne digérait pas l'amidon (cf tous les débats anti-céréales et croquettes) ?

oui c'est etrange ... personnellement je nourris sans céréales mais il a parfois dés gâteaux pour humains et de la pomme de terre. Il le digere bien si cela reste en petite quantité

Je pense moi ausis que loups et chiens ont un ancêtre commun... mais les chiens ne sont pas des"loup domestiqués".
Pour ce qui est de l'amidon, on dit que l'Homme digère le lait (ça serait le seul animal qui, adulte, consomme et digère le lait) En fait c'est les pubs occidentales qui disent ça car seule une TOUTE PETITE partie de la population occidentale tolère effectivement correctement les laitages (surtout le lait brut) En plus il ne faut pas qu'ils aient arrêté de consommer des produits laitiers sinon l'enzyme arrête d'être produite (normal)
L'immense majorité de la population ne fait que "tolérer" plus ou moins les laitages, les plus transformés étant les meilleurs (yaourts maisons BIEN fermentés, fromages pâte dure...) Une petite consommation ne fait pas grand chose (je supporte 1/2 verre de lait brut par jour) mais par contre au delà c'est fermentations et éventuellement diarrhées (non assimilation quoi)
Donc OK le chien peut tolérer de l'amidon, mais en TOUTE petite quantité...

Schéma extrait du livre d'Adam Miklosi dont je n'ai plus le nom (Dog cognition qqch) :

Mon opinion (totalement perso hein !!) : je dirais plutôt que le gène concerné est présent chez le loup mais non activé. L'organisme du chien s'est effectivement probablement adapté à l'alimentation humaine (par l'intermédiaire du caca humain ) mais, à mon avis (et je peux me tromper), cela reste un changement trop peu important pour permettre aux chiens d'assimiler de grandes quantités d'amidon.
Reste à savoir qui a commandé/payé cette étude, si c'est une boîte qui vend des croquettes alors ...

Noméo a écrit:

Bonjour,

J'ai trouvé un article qui précise la présence dans le génome du chien d'un gene pour digérer l'amidon, absent chez le loup. Les scientifiques pensent que cela serait lié a la domestication.

J'ai quelques doutes car il me semble que la comparaison des génomes a été établi avec des loups actuels qui ne seraient pas les ancetres des chiens, les chiens descendant de populations particulières de loups qui ne correspondent pas aux loups actuels. Ces populations ont à ce jour disparu et c'est a leur génome qu'il faudrait comparer.www.auxfrontieresdelascience.com/mobile-sujet-3731,si-le-chien-est-devenu-notre-ami-c-est-aussi-en-apprenant-a-manger-comme-nous?

Cette comparaison me semble plutôt juste.
les chiens et les loups ont un ancêtre commun et les chercheurs cherchent encore à définir ce qui a fait évoluer cette population en 2 sous-espèces bien distincte.

De ce que je comprends de cette étude, c'est que la modification du comportement de certains spécimens sauvages au regard de l'Homme, a évoluer parce que certains d'entre eux se sont rapprocher pour se nourrir des restes des Humains (commensalisme). Et que l’évolution du "chien" à suivi celle de l'Homme en s'adaptant, malgré lui, à la modification alimentaire de celui-ci.

Ce qui est finalement très juste. Si ces "proto-chiens" n'avaient pas eu la capacité de ce nourrir des restes humains (ou n'avez pas évoluer dans ce sens), ils s'en seraient détachés pour retourner chercher de la nourriture qu'ils leur seraient mieux convenu.
C'est comme ça qu'ils sont devenu Omnivore.

A propos du chien et du loup:

http://www.huffingtonpost.com/2014/01/17/dogs-wolf-ancestors-domestication_n_4616796.html?utm_hp_ref=fb&src=sp&comm_ref=false#sb=3128668b=facebook

Citation :

Les loups comptent mieux que les chiens
Par Loïc Chauveau Publié le 09-02-2015 à 14h30

Cet article est extrait de Sciences et Avenir 816 (daté février 2015). Le magazine est disponible à l'achat en version numérique via l'encadré en fin d'article.

ÉTHOLOGIE. Quand on est sauvage, savoir compter est un avantage, mais cette aptitude sert moins quand on est domestiqué. C'est l'hypothèse émise par les chercheurs de l'École vétérinaire de Vienne (Autriche) après comparaison des performances des loups et des chiens. Dans une première étude en 2012, onze Canis lupus avaient à choisir en appuyant sur un buzzer entre deux tubes opaques dans lesquels ils voyaient tomber des morceaux de fromage. Et les loups, qui devaient choisir le tube le plus rempli, ont très bien fait la différence entre 2 et 3 morceaux et entre 3 et 4. Deux ans plus tard, la même équipe a proposé cet exercice à 13 chiens. Qui ont échoué le test.

une étude sympa que je savais pas ou mettre

"Quand on est sauvage, savoir compter est un avantage, mais cette aptitude sert moins quand on est domestiqué. C'est l'hypothèse émise par les chercheurs de l'École vétérinaire de Vienne (Autriche) après comparaison des performances des loups et des chiens. Dans une première étude en 2012, onze Canis lupus avaient à choisir en appuyant sur un buzzer entre deux tubes opaques dans lesquels ils voyaient tomber des morceaux de fromage. Et les loups, qui devaient choisir le tube le plus rempli, ont très bien fait la différence entre 2 et 3 morceaux et entre 3 et 4. Deux ans plus tard, la même équipe a proposé cet exercice à 13 chiens. Qui ont échoué le test. "

La faute des humains ...

Les chercheurs pensent que cette perte de capacité pourrait être due à la domestication. Dans la nature, compter permet par exemple d'éviter d'affronter un groupe plus nombreux que le sien ou de faire les bons choix de chasse. "Comparés aux loups, les chiens domestiques n'ont plus besoin de chercher leur nourriture, ils ont un endroit sûr pour dormir et même la reproduction est contrôlée par l'homme. Aussi sont-ils exclus de la sélection naturelle", conclut Friederike Range, auteure principale de l'étude"
http://www.sciencesetavenir.fr/animaux/20150209.OBS2008/les-loups-comptent-mieux-que-les-chiens.html

Merci west!

Citation :

Que reste-t-il de Canis lupus dans Canis familiaris? Remarques sur un débat sans fin

Résumé de l’intervention d’ Adam Miklosi au congrès de la SEEVAD 2015

Le chien et le loup sont-ils deux espèces différentes ?
Il existe d’ailleurs deux manière de nommer le chien de compagnie : Canis familiaris et Canis lupus familiaris. La même année le journal « animal cognition » a fait référence aux chiens selon ces deux appellations. La terminologie Canis lupus familiaris était déjà d’employés il y a 20 ans par les zoologistes. Le choix de la dénomination peut évidemment évoluer en fonction des connaissances acquises.

Qu’est-ce qu’une espèce animale ?

Pour le grand public une espèce représente un groupe d’individus qui peuvent se reproduire entre eux (interbreeding). Dans cette définition le chien et le loup appartiendraient alors à la même espèce ! D’un point de vue écologique la notion d’espèce est indissociable de la notion de niches écologiques. C’est ce qui fait que dans cette approche le chien et le loup sont deux espèces distinctes car sans l’intervention de l’homme, dans la nature, chien et loup ne se reproduirait que très rarement.

La domestication est le processus de spéciation qui a fait apparaître le chien à partir d’un ancêtre canidés sauvages. De très nombreuses études sont publiées depuis une quinzaine d’années pour prouver l’origine géographique, la date, et l’ancêtre de Canis familiaris. Si une datation entre 16 000 et 32 000 ans semble faire consensus, en revanche les études s’opposent sur les origines géographiques et biologiques de la domestication. Pour Adam Miklosi, ces questions ont finalement peu d’importance.

Les deux questions majeures concernant la domestication sont : quel type de comportement ont été la cible de la sélection amenant à la domestication ? Et quelle a été la séquence des événements de cette sélection ? Une des hypothèses de sélection dans la durée pourrait être la séquence suivante :



Les gènes de l’homme et du chimpanzé ne diffèrent que de 1 à 2 %. Le chien et le loup ne se différencient que par 0,3 % de leur matériel génétique. Mais le matériel génétique, les gènes et leurs produits(les protéines) constituent un réseau complexe de mécanismes de régulation. Ainsi de petites mutations dans certains gènes peuvent avoir des effets importants. Des mutations sur les récepteurs à la dopamine (DRD4 ) peuvent en modifier le fonctionnement et modifier l’impulsivité et la concentration de certains individus.

Sur ce graphique l’axe horizontal représente l’âge des individus testés, l’axe vertical représente les capacités sociales. En bas et à droit, vous pouvez voir … Adam Miklosi !



Les courbes vertes sont celles des loups, les courbes noires sont celles des chiens. Les courbes pleines représentent les animaux, chiens et loups, ayant eu un plan de développement de sociabilité intense. Les courbes en pointillé représentent des conditions de développement social standards ou nulles.

On constate que le point de départ des courbes des chiens et des loups n’est pas le même : c’est ce que Adam Miklosi appelle l’avantage sélectif : à la naissance les chiens ont des attitudes sociales plus importante que les loups. Pourtant on voit que dans un environnement de socialisation intense les courbes des capacités sociales du chien et du loup tendent à se rejoindre. A l’inverse on voit qu’un chiot qui n’est pas du tout stimulé socialement aura les mêmes capacités sociales qu’un loup qui se développent dans des conditions standards.
L’avantage sélectif, à support génétique, ne représentent donc qu’un potentiel qui ne pourra s’exprimer que dans un environnement favorable.

Si l’on compare les aptitudes du chien et du loup lors d’un test de pointé (trouver le réceptacle qui contient de la nourriture indiqué par un mouvement du bras de l’opérateur), le chiot de quatre mois est beaucoup plus performant que le loup du même âge. Mais les différences de performance entre les chiots et les louveteaux s’estompent avec l’âge si les loups sont élevés avec des humains. Il y a donc un changement dans les capacités cognitives : ils apprennent à performer et à collaborer dans cette tâche. Pour le chien cette collaboration est beaucoup plus facile et naturelle, les chiens sont génétiquement préparé à interagir avec l’homme. Les loups quant à eux doivent expérimenter ,apprendre, répéter.

Si l’on teste l’attention visuelle en comptant le nombre de regards spontanés vers l’humain, on constate que:

-à l’âge de trois semaines ni les chiots ni les louveteaux ne regardent l’humain
-à l’âge de quatre semaines le chiot commence à regarder vers l’humain alors que le louveteau ne le regarde pas. Mais il n’y a pas de différence statistiquement significative.
-à l’âge de cinq semaines le chiot regarde énormément l’humain spontanément, le louveteau le regarde un peu. La différence est alors statistiquement significative (p< 0.05)

Dans une autre expérience sur des chiots et des louveteaux de cinq à neuf semaines si l’on renforce les regards vers l’humain on constate que :
- pour le chiot de cinq semaines ou de neuf semaines le nombre de regards augmente entre la 1ere et la 4ème minute d’interaction (3 regards lors de la première minute, 9 regards lors de la quatrième minute)
- pour le louveteau de neuf semaines le nombre de regards restent constants : 2 à 3 regards lors de la 1ère comme lors de la 4ème minute d’interaction malgré les renforcements.

Pour Adam Miklosi : « pour comprendre le comportement des chiens nous avons besoin d’une bonne compréhension à la fois de la génétique et des effets possibles de l’environnement. La communauté scientifique doit travailler avec plus d’insistance à étudier le développement du chien si elle veut comprendre les mécanismes biologiques du comportement canin »

Dr Antoine BOUVRESSE
Vétérinaire comportementaliste DENVF

http://veterinaire-comportement.blogspot.fr/2015/12/que-reste-t-il-de-canis-lupus-dans.html?utm_source=feedburner&utm_medium=email&utm_campaign=Feed:+DrBouvresseVtrinaireComportement+%28Dr+BOUVRESSE++V%C3%A9t%C3%A9rinaire+comportement%29

west a écrit:

http://www.sciencesetavenir.fr/animaux/20150209.OBS2008/les-loups-comptent-mieux-que-les-chiens.html

Le lien marche plus?

Citation :

La domestication du chien serait-elle liée à la digestion de l'amidon ?
11 février 2013, 05:34

Plusieurs études se sont intéressées au processus de domestication du chien par l'homme il y a plus de 10 000 ans. Récemment, des chercheurs ont découvert un élément de plus en comparant les génomes des loups et des chiens.

12 loups venant des 4 coins du globe et 60 chiens issus de 14 races différentes ont contribué à cette étude. 36 régions du génome ont été identifiées comme « modifiées » par le processus de domestication, mais 3 gènes, qui participent à la digestion de l'amidon, ont été analysés plus attentivement. On sait que l'amidon est un glucide d'origine végétale, contenu par exemple dans les pommes de terre, et qu'il est un constituant essentiel de notre alimentation.

« Nos résultats montrent que ces adaptations, qui ont permis aux premiers ancêtres des chiens modernes de prospérer grâce à une nourriture riche en amidon, si on compare avec le régime carnivore des loups, a constitué une étape cruciale dans leur domestication », expliquent les chercheurs qui ont publié les conclusions de leur étude dans la revue Nature.

« Notre découverte peut donc laisser penser que le développement de l'agriculture a servi de catalyseur à la domestication du chien ».

Comme beaucoup de chiens le font encore dans les pays en voie de développement, les ancêtres de nos chiens actuels auraient déniché une partie de leur nourriture dans les déchets des premiers agriculteurs du néolithique, et les restes végétaux riches en amidon auraient joué un rôle majeur dans leur évolution. « La sélection naturelle de caractères génétiques permettant un usage efficace de ces nouvelles ressources alimentaires a pu conduire à l'émergence d'une nouvelle variété de loups à l'origine de nos chiens modernes », estime Erik Axelsson, biologiste à l'université suédoise d'Uppsala, et l'un des principaux auteurs de l'étude.

http://wamiz.com/

A lire aussi: http://www.avarefuge76.com/_media/revue-presse/Revue_technique_janvier_2013.pdf